Isolation, diversité génétique et toxino-typage de Clostridium perfringens dans les abattoirs français

Introduction

Clostridium perfringens, agent pathogène d'importance majeure dans l'industrie agroalimentaire, est à l'origine de diverses pathologies chez l'animal et l'homme. L'identification de ses souches dans les filières carnées françaises permet d'évaluer les risques sanitaires et d'adapter les stratégies de contrôle. Cette étude issue de la collaboration ANSES-IFIP analyse, sur un plan national, le taux d'isolement, la diversité génétique et la distribution des toxino-types de C. perfringens dans les abattoirs français.

Contexte et objectifs de l'étude

La surveillance et la caractérisation des populations de C. perfringens au sein des chaînes d’abattage sont essentielles afin d’anticiper les contaminations des denrées et d’identifier d’éventuelles émergences de clones pathogènes. L’objectif principal de cette recherche a été double :

• Évaluer la prévalence et le taux d’isolement de C. perfringens sur des échantillons prélevés dans différents abattoirs français.
• Caractériser la diversité génétique et déterminer la distribution des toxino-types, en corrélation avec l’origine géographique des souches.

Méthodologie

Échantillonnage et isolement

Une campagne d’échantillonnage a été menée dans plusieurs abattoirs répartis sur tout le territoire français. Les prélèvements concernaient différents types de matrices : viande, surfaces de contact, intestins animaux. L'isolement des souches a été réalisé sur milieux de culture sélectifs adaptés à Clostridium perfringens, avec confirmation par PCR et typage biochimique.

Analyse génétique

La différenciation moléculaire a reposé sur le séquençage multilocus (MLST) et l’analyse des profils de gènes de toxines (notamment cpa, cpb, etx, iap, cpe, cpb2…). Un clustering phylogénétique a permis d’apprécier la diversité structurale et les regroupements entre souches.

Résultats principaux

Taux d’isolement

Le taux d’isolement global de C. perfringens dans les abattoirs français a atteint plus de 35 % sur l’ensemble des échantillons analysés, avec des variations notables selon la nature des prélèvements et les régions.

• Viande fraîche : taux d’isolement inférieur à 10 %, suggérant une influence du process industriel sur la contamination.
• Surfaces de contact : taux supérieur, indiquant un risque de persistance dans l’environnement de l’abattoir.
• Intestin (contenu et muqueuse) : taux d’isolement maximal (>50%), marquant leur rôle de principal réservoir microbien.

Diversité génétique

L’analyse MLST a révélé une forte diversité des souches isolées, traduisant une population largement hétérogène, sans prédominance d’un clone spécifique au plan national. Plus de 25 génotypes distincts ont été identifiés, certains étant communs à plusieurs abattoirs et d’autres spécifiques à des régions.

Le pan-génome présentait une variété significative de déterminants génétiques, en particulier concernant les gènes de résistance et de virulence.

Distribution des toxino-types

La majorité des isolats appartenaient au toxino-type A, compatible avec les observations mondiales chez les animaux à viande. La présence d’autres toxino-types (B, C, D, E) restait marginale mais a été confirmée ponctuellement. L’identification de souches portant le gène cpe, associé à la toxi-infection alimentaire humaine, témoigne du risque potentiel pour le consommateur.

• Type A : largement majoritaire, associé à la production de l’alpha-toxine (cpa).
• Type C/D : détectés à titre sporadique, sans cluster épidémique.
• gène cpe+ : retrouvé dans moins de 2 % des isolats, principalement sur surfaces et intestins.

Discussion

Impact sur la sécurité sanitaire

La persistance généralisée de C. perfringens dans les abattoirs français et la diversité génomique élevée imposent une vigilance continue. Si le tokino-type A prédomine, la circulation de souches potentiellement entéropathogènes impose un suivi ciblé, notamment sur les postes à risque (abats, surfaces de contact).

La faible fréquence de clones porteurs du gène cpe souligne un risque limité mais réel de toxi-infection alimentaire via la filière viande, incitant à un contrôle renforcé des procédés de nettoyage et de désinfection.

Conséquences pour la filière

Pour les acteurs de la filière volailles et porcine, cet état des lieux justifie les efforts d’hygiène, le contrôle systématique des zones à risque et l’utilisation raisonnée des techniques de décontamination.

Des pistes émergent également pour l’amélioration de la biosécurité à la source (ferme/livraison) et pour une traçabilité moléculaire plus fine, contribuant à limiter la dissémination d’isolats à potentiel pathogène.

Conclusion et perspectives

Cette première étude de grande ampleur menée par l’ANSES et l’IFIP propose un panorama complet de la population de Clostridium perfringens dans les abattoirs français. Elle met en lumière aussi bien la ubiquité de ce microorganisme que la pluralité de ses profils génétiques. Si le type A reste dominant, la vigilance s’impose sur la détection de souches rares mais potentiellement dangereuses pour la santé publique. Les auteurs préconisent la poursuite de la surveillance, le renforcement des bonnes pratiques et l’adaptation dynamique des protocoles d’identification et de maîtrise de ce pathogène dans l’industrie agroalimentaire.

Points-clés à retenir

• Prévalence significative de C. perfringens dans les abattoirs français quel que soit le type de prélèvement.
• Diversité génétique élevée sans prédominance d’un clone, témoignant d’une circulation multiforme.
• Type A fortement majoritaire, mais présence sporadique de toxino-types à risque pour la santé humaine.
• Importance du suivi moléculaire et de la biosécurité du champ à la fourchette.

Source : https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0740002025001789?dgcid=rss_sd_all