Résistance aux antimicrobiens : la viande de poulet au cœur d’une nouvelle étude

La résistance aux antimicrobiens constitue un enjeu majeur de santé publique. Elle peut limiter l’efficacité des traitements contre certaines infections et favoriser la circulation de bactéries résistantes entre les animaux, les aliments et les humains.

Dans une étude publiée dans la revue Pathogens, des chercheurs ont comparé les profils de gènes de résistance présents chez trois groupes de bactéries isolées à partir de viandes de poulet : Salmonella spp., Escherichia coli et Enterococcus spp. L’analyse porte sur des produits issus d’élevages conventionnels et de filières commercialisées comme étant sans antibiotiques.

Trois groupes de bactéries surveillés

Les bactéries étudiées jouent un rôle important dans la surveillance de la sécurité sanitaire des aliments :

• Salmonella spp. peut provoquer des infections gastro-intestinales et demeure l’un des agents fréquemment associés aux maladies d’origine alimentaire.
• Escherichia coli regroupe des bactéries généralement présentes dans la flore intestinale, mais certaines souches peuvent être pathogènes ou présenter une résistance à plusieurs traitements.
• Enterococcus spp. est souvent utilisé comme indicateur de la pression de sélection exercée par les antimicrobiens et de la circulation de gènes de résistance.

L’objectif de l’étude était de déterminer quels gènes de résistance étaient présents dans ces bactéries et d’évaluer les différences éventuelles entre les produits conventionnels et les produits issus de filières sans antibiotiques.

Une comparaison entre deux modes de production

Les produits conventionnels proviennent de systèmes dans lesquels les antibiotiques peuvent être utilisés conformément à la réglementation, notamment à des fins thérapeutiques. À l’inverse, les produits dits « sans antibiotiques » sont associés à des pratiques limitant ou excluant l’usage de ces molécules au cours de l’élevage.

Cette distinction ne signifie toutefois pas que les bactéries présentes sur les produits sans antibiotiques sont nécessairement dépourvues de gènes de résistance. Plusieurs mécanismes peuvent expliquer la persistance de ces gènes :

• la circulation de bactéries résistantes dans l’environnement et la chaîne alimentaire ;
• la transmission de gènes entre bactéries ;
• la résistance acquise avant l’arrivée des animaux dans l’élevage ;
• la sélection exercée par d’autres substances antimicrobiennes ;
• la persistance de bactéries dans les installations ou les équipements.

La comparaison entre les deux catégories de produits permet donc de mieux comprendre l’influence réelle des pratiques d’élevage sur les profils de résistance observés.

Des profils de résistance variables selon les bactéries

L’étude montre que les profils de gènes de résistance diffèrent selon le genre bactérien analysé. Les bactéries appartenant à une même espèce ou à un même groupe peuvent également présenter des combinaisons distinctes de gènes.

Cette diversité est importante, car la résistance ne dépend pas d’un seul mécanisme. Elle peut résulter de plusieurs phénomènes, notamment :

• la production d’enzymes capables d’inactiver certains antibiotiques ;
• la modification de la cible sur laquelle agit le médicament ;
• la réduction de la pénétration de l’antibiotique dans la cellule ;
• l’expulsion active de la molécule grâce à des pompes membranaires ;
• l’acquisition de gènes portés par des éléments génétiques mobiles.

Ces éléments mobiles peuvent faciliter le transfert de la résistance entre bactéries. Une bactérie non pathogène peut ainsi constituer un réservoir de gènes susceptibles d’être transmis à une bactérie responsable d’une infection.

Les produits sans antibiotiques ne sont pas exempts de risques

L’un des principaux enseignements de ce travail est qu’une mention indiquant l’absence d’antibiotiques dans le mode d’élevage ne garantit pas l’absence totale de bactéries résistantes.

Les produits issus de filières sans antibiotiques peuvent présenter des profils différents de ceux observés dans les produits conventionnels, mais ils restent exposés à des sources de contamination comparables après l’élevage : abattage, transformation, transport, manipulation et conservation.

La présence d’un gène de résistance ne signifie pas automatiquement que la viande provoquera une infection ou qu’un traitement sera inefficace. Elle constitue néanmoins un indicateur utile de la circulation de la résistance dans la chaîne alimentaire et justifie une surveillance régulière.

L’importance de l’approche « Une seule santé »

La résistance aux antimicrobiens ne peut pas être étudiée uniquement dans les élevages ou dans les hôpitaux. Elle concerne simultanément la santé humaine, la santé animale et l’environnement.

L’approche dite « Une seule santé » repose sur la coordination de ces différents secteurs. Elle implique notamment :

1. une utilisation raisonnée des antibiotiques en médecine humaine et vétérinaire ;
2. une surveillance des bactéries résistantes dans les animaux, les aliments et l’environnement ;
3. l’amélioration des mesures d’hygiène dans les élevages et les abattoirs ;
4. le suivi des gènes de résistance et de leur transmission ;
5. une information claire des professionnels et des consommateurs.

Les analyses génétiques, utilisées pour identifier les gènes de résistance, complètent les tests classiques de sensibilité aux antibiotiques. Elles permettent de repérer des mécanismes parfois difficiles à détecter uniquement à partir du comportement de la bactérie en laboratoire.

Quelles implications pour les consommateurs ?

La présence éventuelle de bactéries résistantes sur de la viande crue ne signifie pas que le produit est impropre à la consommation lorsqu’il respecte les exigences sanitaires. En revanche, elle rappelle l’importance des bonnes pratiques de manipulation :

• se laver les mains après avoir touché de la viande crue ;
• utiliser des ustensiles et des planches propres ;
• éviter le contact entre aliments crus et aliments prêts à consommer ;
• conserver la viande à une température adaptée ;
• cuire suffisamment le poulet avant de le consommer ;
• nettoyer les surfaces ayant été en contact avec le produit cru.

La cuisson complète permet de réduire fortement le risque lié aux bactéries vivantes. Elle ne remplace toutefois pas les mesures de prévention appliquées tout au long de la chaîne de production.

Une surveillance à poursuivre

L’étude consacrée aux profils de résistance de Salmonella, E. coli et Enterococcus souligne la complexité de la résistance aux antimicrobiens dans les aliments. Les différences entre les filières conventionnelles et sans antibiotiques doivent être interprétées dans le contexte plus large de la biosécurité, de la contamination environnementale et des pratiques de transformation.

Les résultats plaident en faveur d’une surveillance continue, fondée à la fois sur les analyses microbiologiques, le séquençage génétique et le suivi des pratiques d’utilisation des antibiotiques. Ils rappellent également qu’aucune mesure isolée ne suffit à résoudre le problème.

Réduire la résistance nécessite une action coordonnée, depuis l’élevage jusqu’à la consommation, afin de limiter la sélection et la diffusion des bactéries résistantes tout en préservant l’efficacité des traitements disponibles.