Résistance aux fluoroquinolones chez Escherichia coli dans la filière de production de poulets de chair

Introduction

La résistance bactérienne constitue une préoccupation majeure de santé publique au niveau mondial, notamment dans les chaînes de production alimentaire. Cet article met en lumière la propagation de la résistance aux fluoroquinolones d'Escherichia coli dans la filière de production du poulet de chair, en s'appuyant sur une étude approfondie qui examine l'ensemble du processus, de la production agricole à l'approvisionnement en points de vente.

Contexte et enjeux sanitaires

L'utilisation accrue des fluoroquinolones, des antimicrobiens à large spectre, dans la volaille a entraîné une sélection accrue de souches résistantes d'E. coli. Ces résistances rendent le traitement d'infections bactériennes en santé animale et humaine davantage complexe, augmentant le risque de transmission de souches résistantes tout au long de la chaîne agroalimentaire jusqu’au consommateur final.

Objectifs de l'étude

Les objectifs principaux de cette étude sont :

• Évaluer la prévalence de la résistance aux fluoroquinolones d’E. coli à chaque étape clé de la filière broiler (reproducteurs, poussinières, élevages, abattoirs et produits finis).
• Caractériser les mécanismes génétiques de résistance en circulation.
• Identifier les points critiques favorisant la dissémination de ces souches résistantes.

Méthodologie

Des prélèvements ont été réalisés de façon systématique tout au long de la filière :

• Oeufs à couver et poussins d’un jour issus des troupeaux reproducteurs.
• Poulets en élevage à différents âges.
• Echantillons prélevés à l’abattoir (carcasses, environnement).
• Isolats d’Escherichia coli récupérés à chaque étape.

L’analyse de la résistance aux fluoroquinolones s’est faite par des tests de sensibilité (CMI) et l’identification des mutations responsables au niveau des gènes gyrA, gyrB, parC et parE, ainsi que la recherche de gènes de résistance plasmidique (qnr, aac(6’)-Ib-cr).

Résultats

Prévalence de la résistance

L’étude montre une prévalence notable de la résistance aux fluoroquinolones dès le stade des reproducteurs, avec une augmentation significative observée lors du passage vers les élevages de poulets de chair. Les taux de souches résistantes détectées chez les poussins d'un jour étaient moins élevés, mais augmentaient sensiblement à l’âge adulte. Les abattoirs présentaient également une fréquence élevée de souches résistantes, soulignant le rôle de la transformation industrielle et de la logistique dans la dissémination bactérienne.

Mécanismes moléculaires de résistance

La majorité des isolats résistants présentaient des mutations au niveau des gènes codant pour la DNA gyrase (gyrA principalement), fréquemment associées à des mutations supplémentaires sur parC, renforçant la résistance. En parallèle, la présence des gènes de résistance plasmidique qnr et aac(6’)-Ib-cr a été détectée, confirmant la circulation de mécanismes horizontaux de transmission de la résistance dans la filière.

Facteurs favorisant la dissémination

Les analyses ont mis en évidence plusieurs facteurs critiques favorisant la dissémination :

• Utilisation récurrente d’antibiotiques dans l’alimentation et les soins.
• Transmission verticale (reproducteurs-poussins-élevage).
• Contamination croisée lors des opérations à l’abattoir.
• Persistance environnementale d’E. coli résistants dans les installations.

Discussion

L’étude révèle un schéma de dissémination étroitement intriqué de la résistance, soulignant l’impact des pratiques agricoles et des environnements industriels sur le maintien et l’expansion des souches d’E. coli résistantes. L’accumulation de mutations chromosomiques couplée à l’acquisition de gènes plasmidiques accroît les niveaux et la diversité des résistances. Ce phénomène convertit la filière de production de volaille en un réservoir critique pour la dissémination de souches multirésistantes, ayant des répercussions tant sur la santé animale qu’humaine.

Perspectives et recommandations

• Rationalisation de l’emploi des fluoroquinolones : Privilégier une prescription raisonnée des antimicrobiens pour limiter la sélection de souches résistantes.
• Surveillance renforcée : Mettre en place des protocoles de surveillance systématique à tous les niveaux de la chaîne.
• Bonnes pratiques d’hygiène : Renforcer l’hygiène dans les élevages et abattoirs pour réduire le risque de dissémination croisée.
• Recherche et innovation : Encourager le développement d’alternatives thérapeutiques et vaccinales pour diminuer la pression de sélection.

Conclusion

La résistance aux fluoroquinolones chez Escherichia coli, particulièrement dans le secteur avicole, pose un défi sanitaire de première importance. Le contrôle de ce phénomène requiert une approche intégrée « One Health » impliquant des efforts concertés entre les filières animale, alimentaire et humaine.

Source : https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0032579126004761?dgcid=rss_sd_all