Approche génomique et One Health : Circulation environnementale et zoonotique du Clostridium perfringens entérotoxigène dans les fruits de mer
Analyse génomique et approche One Health du Clostridium perfringens entérotoxigène dans les fruits de mer : preuves d’une circulation environnementale et zoonotique
Introduction
L’évaluation des risques microbiologiques associés aux produits de la mer prend une importance accrue avec l’identification de Clostridium perfringens entérotoxigène dans les coquillages de détail. Cet agent pathogène, reconnu pour ses implications en santé publique et ses répercussions dans la chaîne alimentaire, soulève des interrogations majeures sur la contamination environnementale, le cycle zoonotique et la transmission via la consommation humaine.
Contextualisation et enjeux sanitaires
La prévalence de C. perfringens, en particulier de ses souches productrices d’entérotoxines (cpe), dans les fruits de mer destinés à la consommation, met en exergue le potentiel zoonotique de ce pathogène. L’intégration de l’approche One Health s’impose ainsi, compte tenu des relations multiples entre l’écologie microbienne, les sources animales, humaines et l’environnement marin.
Méthodes de séquençage et typage moléculaire
Afin de mieux comprendre l’origine et la diversité de C. perfringens détecté dans les coquillages, des analyses génomiques de nouvelle génération ont été déployées. Le séquençage intégral du génome, couplé à la PCR ciblant les gènes codant l’entérotoxine, a permis une caractérisation précise des souches isolées. Les arbres phylogénétiques générés démontrent une variabilité génotypique marquée, indiquant l’existence de clones environnementaux et zoonotiques distincts.
Résultats sur la diversité et la répartition génétique
Les données ont révélé une large diversité génétique parmi les souches de C. perfringens isolées des coquillages. L’identification de multiples profils génotypiques, certains associés à des sources animales et d’autres à des milieux aquatiques, suggère une contamination multifactorielle. L’analyse phylogénétique a révélé des liens étroits entre certaines souches retrouvées dans les fruits de mer et des isolats provenant d’animaux d’élevage ou cliniques humains, étayant l’existence d’une circulation zoonotique et environnementale.
Preuves de circulation zoonotique
Les résultats génomiques corroborent la possibilité que les coquillages servent de vecteurs pour des souches zoonotiques, du fait de leur continuum avec les excrétas d’animaux et le ruissellement agricole. Les profils géniques similaires retrouvés chez les animaux domestiques, les échantillons environnementaux et les fruits de mer en vente démontrent un flux génétique significatif entre ces milieux.
Preuves de circulation environnementale
L’étude indique également que C. perfringens peut persister et se multiplier dans les écosystèmes marins, favorisant ainsi l’émergence de souches spécifiques à l’environnement. Ces souches pourraient, par la suite, être transmises à l’homme par la consommation de fruits de mer contaminés, renforçant l’importance d’une surveillance environnementale renforcée.
Implications pour la sécurité alimentaire et la santé publique
L’identification de C. perfringens entérotoxigène dans les coquillages destinés à la consommation humaine accentue le besoin de stratégies de gestion intégrées. Le contrôle des sources de pollution, la traçabilité des produits de la mer et la mise en œuvre de protocoles de surveillance microbiologique renforcés s’imposent. De plus, la sensibilisation des professionnels de la filière et des consommateurs sur les risques liés à une cuisson insuffisante et aux chaînes de froid défaillantes s’avère essentielle.
Recommandations de surveillance One Health
L’approche One Health est recommandée pour aborder cette problématique :
- Renforcement de la surveillance génomique des souches dans les milieux aquatiques, terrestres et animaux.
- Mise en réseau des bases de données épidémiologiques intersectorielles pour tracer efficacement la circulation des clones.
- Élaboration de directives harmonisées impliquant le secteur vétérinaire, la santé publique et l’industrie alimentaire.
- Partenariats interprofessionnels pour évaluer et limiter la dissémination de souches pathogènes tout au long de la chaîne agroalimentaire.
Perspectives de recherche
Des axes de recherche supplémentaires sont nécessaires pour quantifier quantitativement la contribution de chaque réservoir (animal, environnemental, humain) à la contamination des coquillages. L’usage combiné de la métagénomique et de l’épidémiologie moléculaire permettra de cartographier avec précision les flux microbiens et d’anticiper les émergences pathogènes futures dans la filière alimentaire.
Conclusion
La présence de souches entérotoxigènes de Clostridium perfringens au sein des coquillages vendus au détail traduit la nécessité d’une action concertée, inspirée de la philosophie One Health, à l’interface entre les milieux aquatiques, les élevages, la santé humaine et l’environnement. Seule une compréhension globale des dynamiques de circulation permettra une gestion efficace des risques et une meilleure sécurisation de l’approvisionnement alimentaire.
Source : https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0956713526000484?dgcid=rss_sd_all



