Lacs et lagunes : sources émergentes de bactéries pathogènes et de résistance aux antimicrobiens dans l'eau potable et les pêcheries

Introduction

L'utilisation des écosystèmes aquatiques, notamment les lacs et les lagunes, pour l'approvisionnement en eau potable et la pêche, expose les populations à d'importants enjeux sanitaires. En effet, ces plans d'eau constituent de véritables réservoirs de bactéries pathogènes humaines ainsi que de gènes de résistance aux antimicrobiens, exacerbant la problématique de la transmission des maladies hydriques et de l'inefficacité croissante des traitements antibiotiques.

Dynamiques des réservoirs aquatiques de pathogènes

Les lacs et lagunes reçoivent d'importants volumes d'effluents domestiques et agricoles, entraînant un apport massif de micro-organismes potentiellement pathogènes, tels qu'Escherichia coli, Salmonella spp., Shigella spp. ou encore Vibrio cholerae. Ces eaux de surface, souvent exploitées sans traitement adéquat ou avec des infrastructures obsolètes, deviennent des vecteurs efficaces de transmission de maladies d'origine hydrique.

Par ailleurs, certaines bactéries aquatiques saprophytes, bien que généralement inoffensives pour l'humain, peuvent également acquérir des facteurs de virulence ou des résistances, complexifiant le paysage épidémiologique des zones concernées.

Propagation et impact de la résistance aux antimicrobiens (RAM)

La surconsommation d'antibiotiques en santé humaine et vétérinaire favorise la sélection de souches résistantes, lesquelles sont ensuite relarguées massivement dans l'environnement via les effluents. Dans ces écosystèmes, les gènes de résistance peuvent se répandre par transfert horizontal entre différentes espèces bactériennes, multipliant les risques d'infections difficiles à traiter chez l'humain et dans les productions piscicoles.

L’impact de cette dynamique est particulièrement préoccupant dans les régions où l’accès aux antibiotiques est mal régulé et où le traitement des eaux usées fait défaut, créant un cercle vicieux entre pollution, propagation des résistances et maladies hydriques.

Conséquences pour la santé publique et les pêcheries

La cooccurrence de bactéries pathogènes et de gènes de résistance dans les lacs et lagunes pose un défi majeur à la fois pour la santé publique et la sécurité alimentaire, notamment dans les zones où les ressources halieutiques constituent la principale source de protéines.

Les principaux effets identifiés comprennent :

• Augmentation de l’incidence des infections bactériennes d'origine aquatique, en particulier gastro-intestinales, dermatologiques et respiratoires.
• Rendement moindre des traitements antibiotiques courants en raison de la prévalence accrue de souches multi-résistantes.
• Contamination récurrente des produits piscicoles destinés à la consommation humaine, favorisant la transmission directe aux consommateurs et compromettant les exportations.

Facteurs exacerbant la contamination

Divers facteurs amplifient la présence et la dissémination des bactéries pathogènes et des résistances aux antimicrobiens dans ces milieux aquatiques :

• Déversements non contrôlés d'eaux usées domestiques et hospitalières contenant à la fois des pathogènes et des résidus pharmaceutiques.
• Utilisation intensive d'antibiotiques en aquaculture, qui génère une pression de sélection supplémentaire.
• Faible renouvellement de l’eau dans les lagunes entraînant une concentration accrue de contaminants.
• Activités agricoles riveraines favorisant le ruissellement de polluants (engrais, fumiers, pesticides) et d'agents pathogènes vers les plans d’eau.

Mesures préventives et axes d'intervention

Afin d’atténuer ces risques, plusieurs stratégies à déployer de façon intégrée sont recommandées :

• Renforcement du traitement des eaux usées par des dispositifs modernes capables de réduire efficacement la charge microbienne et génétique.
• Contrôle de l’utilisation des antibiotiques en médecine humaine et vétérinaire, en promouvant un usage raisonnable et encadré.
• Surveillance régulière de la qualité microbiologique des eaux et des produits issus de la pêche afin de détecter précocement les foyers de contamination et adapter les politiques sanitaires.
• Programmes d’éducation et de sensibilisation destinés aussi bien aux communautés riveraines qu’aux acteurs économiques des filières aquatiques.

Perspective sur l'évolution du phénomène

Avec l’urbanisation accélérée, la croissance démographique et la demande croissante en ressources aquatiques, la pollution microbienne et génétique des lacs et lagunes risque de s’amplifier. Les défis liés à la maîtrise de la résistance aux antimicrobiens dans l’environnement nécessitent une collaboration interdisciplinaire accrue entre microbiologistes, hydrologues, experts de la santé publique et décideurs politiques.

Conclusion

Les lacs et lagunes se dressent désormais au cœur des enjeux de santé publique, à la croisée des questions d’accès à l’eau, de sécurité alimentaire et de lutte contre l’antibiorésistance. Leur gestion durable est essentielle pour préserver la qualité de vie des populations qui en dépendent et réduire la propagation des agents pathogènes et des résistances à l’échelle globale.

Source : https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0301479726011783?dgcid=rss_sd_all