Mise à jour de la base de données des plantes hôtes de Xylella spp. avec la littérature jusqu'en 2025

Introduction

La bactérie Xylella spp., agent pathogène d'importance mondiale, impacte gravement de nombreuses cultures de grande valeur telles que l'olivier, la vigne, les agrumes et d'autres espèces ligneuses et herbacées. Afin d’optimiser la prévention, la détection précoce et la gestion efficace de cette maladie, il est indispensable de disposer d’une base de données robuste recensant les plantes hôtes potentielles et avérées de Xylella spp., régulièrement mise à jour selon les avancées scientifiques.

Objectif et contexte

Cette actualisation de la base de données, réalisée sous l'égide de l'EFSA (Autorité européenne de sécurité des aliments), intègre toutes les références scientifiques de la littérature publiées jusqu’en 2025. Elle vise à fournir une documentation exhaustive et fondée sur les preuves, au service des chercheurs, diagnosticiens, phytopathologistes, décideurs publics et professionnels de l’agriculture.

Méthodologie de mise à jour

• Collecte des données bibliographiques : Recension systématique des publications indexées dans les bases scientifiques majeures jusqu’à 2025.
• Critères d’inclusion : Seules les preuves résultant de diagnostics moléculaires fiables ou d’isolations culturales sont validées.
• Évaluation par des experts : Chaque nouvelle relation plante-hôte/Xylella est corroborée par un groupe interdisciplinaire d’experts afin d’exclure les interprétations erronées, résultant notamment de contaminations croisées ou d’identifications inexactes.

État de la base de données (2025)

• Nombre total d’espèces recensées : La liste comprend désormais plus de 650 espèces végétales appartenant à 65 familles botaniques.
• Plantes hôtes confirmées : Prestigieuses lignées telles qu’Olea europaea (olivier), Vitis vinifera (vigne), Prunus dulcis (amandier) et diverses Rutaceae, dont Citrus spp., font l'objet de confirmations réitérées.
• Nouveaux hôtes identifiés : De nombreuses espèces ornementales, de légumes et d’arbustes sauvages entrent dans la liste suite à de récents signalements à l’échelle mondiale, notamment en régions méditerranéennes, sud-américaines et asiatiques.

Répartition géographique

• Propagation accrue en Europe : Italie, Espagne, France, Portugal et Grèce présentent des cas croissants sur diverses cultures commerciales et espèces indigènes.
• Expansion hors Europe : Signalements appuyés dans les Amériques (États-Unis, Brésil, Argentine) ainsi qu'en Asie, avec un élargissement du spectre des plantes hôtes régionales.

Approches de détection et confirmation

• Techniques privilégiées : La qPCR (PCR quantitative en temps réel) reste la référence, complétée par des méthodes basées sur le séquençage de l’ADN et l’isolement bactérien sur milieu de culture spécifique.
• Validité des résultats : La base n’intègre que les cas où la présence de Xylella est confirmée par au moins deux approches méthodologiques complémentaires ou par réplicabilité des résultats dans des laboratoires indépendants.

Diversité des sous-espèces et implication épidémiologique

• Sous-espèces dominantes : Xylella fastidiosa subsp. pauca, multiplex, fastidiosa, sandyi et morus figurent en tête.
• Détermination de la compatibilité hôte-sous-espèce : Mise en relation explicite des rapports hôtes/sous-espèce, essentielle pour la formulation d’actions phytosanitaires ciblées.

Impacts pour la surveillance phytosanitaire et la gestion du risque

• Ciblage des inspections : Les autorités sanitaires et services agricoles peuvent orienter leurs campagnes de dépistage sur les genres et familles botaniques à risque élevé.
• Développement d’outils diagnostiques : Les nouvelles entrées impliquent une adaptation continue des tests moléculaires et de l’approche terrain.
• Gestion intégrée : L’actualisation permanente de la liste facilite la hiérarchisation des priorités pour l’arrachage, la mise en quarantaine et la restriction du commerce des végétaux sensibles.

Limites et perspectives

• Biais potentiels : La surreprésentation des espèces de grande valeur économique peut masquer la diversité réelle des hôtes dans les habitats naturels ou ornementaux faiblement surveillés.
• Recherches futures : La priorisation des prospections sur des écosystèmes inexplorés et l’application de nouvelles technologies diagnostiques sont encouragées.

Accès et utilisation de la base de données

La totalité de la base de données, révisée et documentée, est consultable en ligne sur le site de l’EFSA. Elle est structurée afin de permettre des recherches croisées par espèce, famille, géographie et type de preuve scientifique.

Source : https://efsa.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.2903/j.efsa.2026.10147