Comment la bactérie Escherichia coli, présente dans l’intestin humain, devient-elle un pathogène ?

Des chercheurs se penchent sur le lien entre les gènes bactériens et la gravité de la maladie. Dans certaines conditions, E. coli, qui fait partie de la flore intestinale, peut causer des infections de la vessie ou une septicémie. Une équipe de chercheurs dirigée par le professeur Marco Galardini de Twincore, en collaboration avec des chercheurs de l’Université de Paris, a étudié si certains gènes de la bactérie étaient liés à la gravité de ces maladies. Les résultats de leur recherche ont été publiés dans la revue PLOS Genetics.

En tant que commensal, E. coli ne cause généralement pas de dommages dans l’intestin humain. Cependant, dans certains organes, il peut devenir pathogène.

Par exemple, il provoque des infections des voies urinaires et peut entraîner une septicémie, une infection sanguine potentiellement mortelle. Jusqu’à présent, la gravité de ces infections ne pouvait pas être prédite en fonction de la constitution génétique de la bactérie.

Les chercheurs de Twincore ont effectué une étude d’association à l’échelle du génome pour déterminer si certaines variantes génétiques d’E. coli étaient associées à une évolution plus grave de la maladie. Ils ont séquencé des échantillons bactériens provenant de deux grandes études de patients et les ont corrélés avec la progression de l’infection. L’analyse a également pris en compte des facteurs tels que l’âge, le sexe et les maladies antérieures des patients.

L’équipe dirigée par Marco Galardini n’a pas identifié les gènes spécifiques qui déterminent la gravité de la maladie, mais elle a fait une découverte intéressante. Une cassette génétique particulière était clairement associée aux infections des voies urinaires. Cette découverte pourrait permettre de développer des stratégies pour éviter les maladies potentiellement mortelles. Par exemple, il serait possible de séquencer les pathogènes responsables d’une infection de la vessie afin de décider si un ajustement préventif du traitement médicamenteux est nécessaire.

Le fait que les chercheurs n’aient pas pu établir un lien clair entre le génome de la bactérie et la progression de la maladie ne signifie pas nécessairement qu’il n’existe aucun lien. Il est possible que la taille de l’échantillon étudié soit insuffisante. Une simulation a montré qu’il faudrait environ dix fois plus d’échantillons pour détecter ou exclure avec plus de certitude une telle connexion.