Surveillance de la résistance environnementale : Suivi d'Escherichia coli ESBL et résistants à la colistine dans les déchets d’élevage pour l’action One Health

Introduction

La propagation de la résistance aux antimicrobiens constitue une menace majeure pour la santé publique, humaine, animale et environnementale, s'inscrivant pleinement dans la perspective "One Health". Les gènes de résistance, notamment ceux responsables de la production de bêta-lactamases à spectre étendu (ESBL) et la résistance à la colistine, sont fréquemment identifiés chez Escherichia coli isolés de déchets d'élevage. Leur présence souligne le risque de transfert vers les populations humaines et l’environnement, rendant essentiel le suivi de ces agents pathogènes à l’interface agriculture-environnement.

Méthodologie

Echantillonnage des déchets d’élevage

Des échantillons de déchets liquides et solides issus de diverses exploitations agricoles (bovines, porcines, avicoles) ont été collectés de manière systématique. Les sites sélectionnés offraient une représentativité des différents systèmes d’élevage et de gestion des effluents.

Isolement et identification d’E. coli résistants

La mise en culture sélective sur milieux adaptés a permis l’isolement d’E. coli porteurs de la résistance aux céphalosporines de troisième génération et à la colistine. L’identification biochimique et la confirmation par typage moléculaire ont assuré l’exactitude taxonomique des isolats.

Analyse de la résistance aux antimicrobiens

La détermination des profils de résistance a été effectuée par diffusion en gélose selon les normes CLSI. Les gènes codant pour les ESBL (blaCTX-M, blaTEM, blaSHV) et pour la résistance à la colistine (mcr-1 à mcr-3) ont été recherchés par PCR en temps réel, suivis de séquençage pour caractérisation fine.

Résultats

Prévalence des E. coli ESBL et résistants à la colistine

Une prévalence significative d’E. coli multirésistants a été observée dans les déchets issus des différents élevages échantillonnés. Les taux d’isolement d’E. coli produisant des ESBL étaient particulièrement élevés dans les effluents porcins et avicoles. Parallèlement, la détection du gène mcr-1, médiateur de la résistance à la colistine, a démontré l’émergence de clones hautement résistants dans les matrices environnementales.

Diversité génétique et répertoire des gènes de résistance

Le typage moléculaire a révélé une diversité clonale des souches isolées, certaines séquences étant associées à la transmission interspécifique et à la dissémination environnementale. Les gènes blaCTX-M dominaient le spectre des ESBL, suivis des variants blaTEM et blaSHV, souvent associés à des éléments génétiques mobiles favorisant leur transfert horizontal.

Implications épidémiologiques et mouvements de la résistance

L’analyse comparative entre les différents types d’élevage met en lumière un gradient de pression de sélection lié à l’usage d’antibiotiques, entraînant l’enrichissement des effluents en bactéries résistantes. La mobilisation de ces entités dans l'environnement, via l’épandage des fertilisants agricoles, pose un risque pour la contamination de la faune, de la flore et des sources hydriques.

Discussion

Conséquences pour la santé humaine et animale

La circulation continue d’E. coli résistants aux antimicrobiens dans le système agricole-environnemental crée un réservoir de gènes de résistance accessible aux pathogènes humains. Cela souligne l’importance du suivi systématique et du contrôle intégré de la résistance, bien au-delà de la sphère clinique.

Stratégies de gestion recommandées

La réduction de l’usage inapproprié des antimicrobiens en élevage, l’amélioration du traitement des déchets et la surveillance interdisciplinaire figurent parmi les recommandations majeures. La coordination des actions entre microbiologistes, agronomes, vétérinaires et décideurs publics est essentielle pour endiguer la dissémination des gènes de résistance.

Conclusion

Le suivi d’E. coli, porteurs de gènes ESBL et de résistance à la colistine, dans les déchets d’élevage, offre une visibilité précieuse sur la dynamique environnementale de la résistance aux antimicrobiens. Ce travail souligne l'urgence de mises en œuvre concertées dans une approche One Health, visant à surveiller, contenir et prévenir l’expansion de la résistance au sein des écosystèmes.

Source : https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1438463926000234?dgcid=rss_sd_all