Diversité génétique et résistance antimicrobienne de Salmonella chez les poulets en liberté et sangliers
Résistance aux antimicrobiens et diversité génétique de Salmonella chez les poulets en liberté et les carcasses de sangliers : perspectives One Health
Introduction
La transmission croissante de la résistance aux antimicrobiens (RAM) chez les agents pathogènes zoonotiques pose de sérieux défis à la santé publique mondiale. Parmi eux, le genre Salmonella occupe une place prépondérante en raison de son potentiel zoonotique, de sa large distribution environnementale et de sa capacité à s'adapter à divers hôtes animaux. Cette étude évalue la prévalence, la diversité génétique et les profils de sensibilité aux antimicrobiens de souches de Salmonella isolées chez des poulets élevés en plein air et des carcasses de sangliers, deux sources majeures d'exposition humaine dans un contexte "One Health".
Objectif de l'étude
Examiner la diversité génétique et les profils de résistance de Salmonella isolées de deux matrices animales–poulets élevés en plein air et sangliers sauvages–afin d’identifier les potentiels risques pour la santé publique et d’approfondir la compréhension de la circulation interespèces de bactéries résistantes.
Matériels et Méthodes
Échantillonnage
- Poulets : Échantillons recueillis chez des poulets de type fermier évoluant dans des systèmes extensifs (plein air), avec un accès au sol naturel et à l’environnement extérieur.
- Sangliers : Prélèvements sur les carcasses issues de chasses réglementées, immédiatement après abattage, afin de minimiser les contaminations croisées.
Isolement et identification
Les souches de Salmonella ont été isolées selon la norme ISO 6579-1:2017. La confirmation des souches s’est appuyée sur la PCR spécifique du gène invA.
Typage génétique
Le typage moléculaire a été mené par Multi-Locus Sequence Typing (MLST), permettant de distinguer les variants génétiques majeurs et de retracer les éventuelles transmissions croisées.
Antibiogrammes
La résistance à différents agents antimicrobiens a été évaluée selon les recommandations de l’EUCAST, ciblant des antibiotiques d’usage courant en médecine vétérinaire et humaine : ampicilline, tétracycline, streptomycine, chloramphénicol, sulfonamides, ceftiofur et ciprofloxacine.
Résultats
Prévalence de Salmonella
- Poulets en liberté : Taux de portage de Salmonella élevé, résultant potentiellement d’une interaction plus fréquente avec l’environnement naturel, la faune sauvage et le sol contaminé.
- Sangliers : Prévalences modérées, mais détectées de façon récurrente dans les carcasses provenant de différentes localisations géographiques.
Diversité génétique
- Les analyses MLST ont dévoilé une grande diversité de sérovars et de types de séquences, témoignant de multiples sources de contamina-tion et de circulation dynamique dans l'environnement.
- Une portion significative des souches découvertes appartenaient à des types identifiés à la fois chez les volailles et les sangliers, suggérant de possibles échanges génétiques ou contamination croisée via l’environnement.
Résistance aux antimicrobiens
- Taux de résistance globale : Plusieurs souches isolées présentent des profils de multi-résistance. La fréquence la plus élevée concerne l’ampicilline, la tétracycline et la streptomycine.
- Absence de résistance critique : Aucune souche isolée dans cette étude ne s’est révélée résistante aux fluoroquinolones ou aux céphalosporines de troisième génération, antimicrobiens critiques en médecine humaine.
- Différences liées à la matrice : Les souches provenant des poulets manifestent généralement des taux de résistance supérieurs, surtout pour les antibiotiques fréquemment utilisés en aviculture.
- Souches de sanglier : Majoritairement sensibles, mais certains isolats expriment une multirésistance acquise, révélant leur exposition potentielle à des bactéries résistantes dans l’environnement.
Discussion
La coexistence de souches de Salmonella partageant des profils génétiques et phénotypiques similaires dans la faune sauvage et chez les animaux domestiques suggère l’existence de flux de gènes de résistance par le biais de l’environnement. L’accès non restreint des poulets en liberté à la nature favorise une exposition accrue à des contaminants microbiens portés par les excréments des sangliers, d’autres mammifères ou encore des oiseaux.
L’absence de souches résistantes aux antibiotiques de dernier recours constitue un point rassurant, corroborant l’observation selon laquelle les systèmes d’élevage extensif, malgré leur interaction avec la faune sauvage, sont moins propices à la dissémination de gènes de résistance critique que les élevages intensifs. Cependant, la présence de multi-résistances, y compris certains profils inattendus chez le sanglier, montre que la vigilance doit rester de mise, car ces animaux peuvent constituer des réservoirs épidémiologique insoupçonnés.
Enfin, la diversité génétique observée démontre la complexité des réseaux de transmission de Salmonella dans l’environnement rural, insistant sur l’importance d’intégrer des approches One Health dans la surveillance de la RAM.
Perspectives et Recommandations
- Surveillance intégrée : Il est crucial de renforcer les systèmes de surveillance transversaux impliquant la faune sauvage, l’élevage et l’environnement afin de détecter rapidement les émergences de souches résistantes.
- Bonnes pratiques d’élevage : Préconiser la restriction de l’usage des antimicrobiens en agriculture et la promotion de mesures hygiéniques pour limiter la propagation de Salmonella.
- Recherche génomique : Le séquençage complet des isolats doit être poursuivi pour mieux comprendre les flux de gènes et les mécanismes de résistance chez Salmonella multi-hôtes.
Conclusion
Les poulets élevés en plein air et les sangliers représentent deux réservoirs majeurs de Salmonella dans lesquels la diversité génétique et la multi-résistance coexistent. Ces résultats soulignent la nécessité d’une collaboration One Health impliquant vétérinaires, agriculteurs, gestionnaires de la faune et autorités sanitaires, pour limiter la dissémination de bactéries résistantes et protéger la santé humaine.
